«Кўкалдош» мадрасаси Тошкент шаҳридаги тарихий обидалардан бири саналади. Муҳаммад Солиҳ Қорахўжа Тошкандийнинг «Тарихи жадидайи Тошканд» китобида «Кўкалдош» мадрасасини Дарвешхон қурдирганини ёзади ва шу китобининг баъзи жойларида мадрасани Дарвешхон мадрасаси деб ҳам атайди.  Мадраса 1551-1575 йиллар орасида қуриб ишга туширилган. Бунга далил сифатида тарихчилар 1569-1570 йилларда ёзилган вақфномани келтирадилар. Унга кўра, Тошкент ҳокими Султон Дарвешхон бир карвонсаройни мадрасага вақф қилиб бергани айтилган.
«Кўкалдош» мадрасаси Чорсу майдонидаги Шаҳристон тепалигида Хўжа  Аҳрор Валий жомеъ масжидининг ёнида анъанавий шарқ услубига риоя қилиб бунёд этилган. Унинг кенг ҳовлиси ҳужралар ва очиқ айвонлар билан  ўралган. Ҳужралар сони 38 та бўлиб, дастлаб қурилганда мадраса уч қаватдан иборат бўлган. Бош фасад жанубга қараган, дарвозадан кираверишда чапда масжид, ўнгда дарсхона жойлашган. Масжид ва дарсхонанинг усти ўзаро кесишган равоқлар устига ўрнатилган қўш ички ва ташқи гумбазлардан иборат бўлган. Пештоқ сиркор парчин ва жилва нақшлар билан безатилган. XVIII асрга келиб қаровсиз қолган мадраса карвонсарой сифатида фойдаланилган. 1830-1831 йилларда Тошкент ҳокими Лашкар Бегларбегининг даврида дарсхона ва масжид ўнгидаги нураб тўкила бошлаган зангори гумбазлари ва иккинчи қаватнинг ғиштлари кўчириб олиниб, ҳозирги кунда бузилиб кетган Бегларбеги мадрасаси (бозорнинг юқори қисмида)нинг қурилишида ишлатилган.
1866-1886 йилларда рўй берган зилзила натижасида мадраса пештоқининг юқори қисми қулаб тушади ва мадраса вайронага айланади.
1902-1903 йилларда Тошкент шаҳри аҳолисининг хайрия маблағлари ҳисобидан таъмирлаш ишлари олиб борилади. Маблағ етишмаслиги сабабли таъмирлаш ишлари тўхтаб қолиб, ёдгорлик ўзининг аввалги ҳолатига қайтарилмади.
Кўкалдош мадрасаси ва унинг ёнидаги Хўжа Аҳрор Валий жомеъ масжиди 1865 йилда Генерал Черняев бошчилигидаги Тошкентни забт этишда қаттиқ шикастланди.
1886 йили рус муҳандислари томонидан хонақолар ва жомеъ масжид қайта таъмирланиш натижасида ўзининг дастлабки меъморий кўринишини тамоман йўқотди.
Вақт ўтиши билан ўзаро урушлар, кучли зилзилалар, биноларнинг турли мақсадларда фойдаланиши, бир неча бор қайта таъмир қилиниши ва қайта тикланиши мадрасанинг дастлабки ҳақиқий гўзаллигини, муҳташамлигини аста-секин йўқотиб борган.
Айниқса, XVIII асрнинг бошларида мадраса ташландиқ ҳолатга келиб қолган. Шу асрнинг охирида эса, карвонсарой мақсадида фойдаланилган. Коммунистик мафкуранинг ҳукмронлиги даврида мадраса биноси умуман қаровсиз қолиб кетган: хоналар омборхона, ётоқхона, ҳар хил устахоналар сифатида фойдаланилган.
Табиий емирилиш даражасида ҳам таъмирлаш ишлари олиб борилмади. Давлат томонидан олиб борилган таъмирлаш ишларидаги  суистеъмолчилик ва масъулиятсизлик мадрасанинг янада аянчли ҳолатга тушишига олиб келди.
1974 йилда қабул қилинган мадрасани қайта тиклаш тўғрисидаги лойиҳалар лоқайдлик сабабли сурункасига бажарилмай келди.
Маданият вазирлигининг маълумотига кўра 1985 йилдан 1991 йилгача таъмирлашга сарф қилинган маблағ 347.2 минг сўмни ташкил этган.
Мустақиллик даврида мадрасанинг шарқий томонидаги жомеъ масжид ёнидан ўтган ичимлик суви қувурининг ёрилиши натижасида мадрасани икки марта сув босиб, жанубий қисми захлаб, шўрланиб кетди. Ушбу деворлар остида пойдевор бўлмаганлиги сабабли 2002 йилда қайтадан ғиштлари алмаштирилиб, янги пойдевор қўйилди.
«Кўкалдош» мадрасаси собиқ СССР Министрлар Советининг 1990 йил 29 декабрдаги №4372 сонли қарорига асосан, 1991 йил 3 июнда Ўрта Осиё ва Қозоғистон мусулмонлари диний идораси (ҳозирги Ўзбекистон мусулмонлари идораси) тасарруфига топширилди. Шу вақтдан бошлаб мадрасанинг умумий таъмирланиши учун тайёргарлик ишлари бошлаб юборилди.
Илк бор мустақиллик даврида марҳум Эркин Саидахмедов мадраса учун ўз маблағлари билан фаол иштирок этиб, кенг кўламда таъмирлаш ишларини бошлаб берди. Сўнгра бу хайрли ишни марҳум Наим ота Жўраев давом эттириб, кўзга кўринарли даражага етказди. Наим ота даврида мадрасанинг шимолий ва жанубий пештоғи, ички ва ташқи томонлари дастлабки ҳолатига келтирилди.
Абдурасул Худойберганов даврида мадрасанинг ғарбий қисмидаги хонақоларнинг барчаси ҳамда бино ташқарисининг шимолий-ғарбидаги таҳоратхона бузилиб, лойиҳада кўрсатилганидек бинонинг биринчи қавати пойдевор асосида қайтадан бунёд этилди. Сўнгра 1954 йилдан бери таъмирланмаган эшик деразалар қайта таъмирдан чиқарилди. Мадрасанинг шарқий қисмидаги биноларнинг иккинчи қавати тикланиб, усти ёпилди.

1996 йилгача бажарилган тиклаш ва таъмирлаш ишлари асосан, халқнинг хайр-эҳсонлари ҳисобига бажарилган. 1996 йилдан бошлаб таъмирлаш ишлари шаҳар ҳокимининг Тошкент шаҳари таъмири учун ажратган қурилиш ашёлари ҳисобидан берган ёрдами ҳамда Ўзбекистон мусулмонлари идораси ва мадрасага тушган хайр-эҳсонлар орқали амалга оширилган.
Мустақиллик давридаги таъмирлаш ишларида Бухоролик Аҳрор Асқаров ва Маданият вазирлиги ёдгорликларни сақлаш институти муҳандиси, «Кўкалдош» мадрасаси қурилиш лойиҳаси муаллифи ва таъмиркор уста Миробид Мирзоаҳмедов кабилар катта хизмат қилдилар.
Мазкур кўҳна билим даргоҳида кўплаб олиму фузалолар дарс берганлар, таҳсил олганлар. XVI асрда Тошкентда ишлаб турган Хожа Аҳрор жомеъи, Бароқхон ва «Кўкалдош» мадрасаларида ўз замонасининг машҳур олимларидан Шамсиддин Муҳаммад Куртий, Хожа Юсуф Қошғарийлар дарс берганлар. Ўзбек мумтоз шеъриятининг вакилларидан шоир Муҳаммад Аминхўжа Муқимий ҳар гал Тошкентга келган вақтларида (1880-1890) «Кўкалдош» мадрасасида истиқомат қилган.  1889-1891 йиллар мобайнида шаҳримизда яшаган машҳур шоир Зокиржон Холмуҳаммад ўғли Фурқат ҳам ушбу мадрасада истиқомат қилиб, таълим олган ва ижод билан шуғулланган. Шунингдек Ҳамза Ҳакимзода Ниёзий ҳам 1910-1911 йилларда мадраса ҳужраларидан бирида истиқфомат қилган. Ўзбек орифона шеъриятнинг улкан намоёндаси – шоир Хазиний ҳам Тошкентга келган пайтларида албатта «Кўкалдош» мадрасасида тўхтаб, мударрис ва талабалар билан кўплаб ажойиб суҳбатлар қурган. XIX аср охири XX аср бошларидаги ўзбек шеъриятининг таниқли вакиллари: Мулло Қўшоқ Мисний, Сайид Хайбатулло Хўжа Хислат, Сирожиддин Сидқий Хондалиқийлар ҳам Кўкалдош мадрасасида таҳсил олганлар. Машҳур уламоларимиздан Сайид Маҳмуд Тарозий, Олтинхон Тўра, Юнус Мақсудий ва Зиёвуддин ибн Эшон Бобохон ҳазратлари ҳам XX аср бошларида таҳсил олиб, илм пиллапояларида юксалиб боришган.
Мадрасада Ислом дини қонун-қоидалари, араб ва форс тили грамматикаси, адабиёт, одоб-ахлоқ, математика, геометрия, астрономия каби фанлар ўқитилган.дарслар араб ва форс тилларидаги китоблар бўйича ўқитилган. Мадрасани битириб чиққан илм аҳллари араб, форс ва туркий тилларни мукаммал ўрганганлар, юзлаб ғазаллар, минглаб байтларни ёддан билганлар, мадраса ҳужраларида ётиб қуръони каримни ёд олганлар.

Баъзи маълумотларда келтирилишича ҳадис илмининг юртимизда яна қайта  жонланишига туртки бўлган уламоларимиз орасида Шомий домла деб шуҳрат топган – Суриялик атоқли илоҳиёт олими Шайх Муҳаммад ибни Саид ибни Абдулвоҳид ал-Асалий аш-Шомий ат-Тараблусий ҳазратлари ҳам бир мунча муддат мадараса ҳужраларидан бирида истиқомат қилиб, талабаларга дарс берган.
Ушбу мадраса фаолият бошланганидан буён 1999 йилга қадар «Кўкалдош мадраса масжиди» деб номланган. 1999 йилда Ўзбекистон мусулмонлари идораси томонидан янги Низом тасдиқланиб, 1999 йил 18 августда Ўзбекистон Республикаси Адлия  Вазирлигида расмий рўйхатдан ўтгандан сўнг «Кўкалдош Тошкент ислом ўрта махсус билим юрти» деб номланди.
Билим юрти 1999  йил 10 октябрда махсус рухсатнома олиб, 1 ноябрдан расмий фаолият кўрсата бошлади.
Мустабид тузум асорати таназзулга юз тутган бу анъана буюк истиқлол берган эркинлик туфайли ва халқимизнинг миллий диний қадриятларга чексиз садоқати натижасида аста-секинлик билан қайта жонлана бошлади.  Бу жонланиш Кўкалдош мадрасасида қайта очилган ўрта махсус ислом билим юрти тимсолида яққол кўринади.
Билим юртида Қуръон, ҳадис, сарф, наҳв, мутолаа каби  диний илмлар билан бир қаторда ўзбек тили ва адабиёти, табиат, жуғрофия, ингилиз тили, физика, математика, астрономия, информатика ва бошқа дунёвий фанлар ҳам ўқитилади, бу ишга малакали мутахасислар жалб этилган.
Элимизнинг юздан ортиқ диний илмга муштоқ фарзандларини ўз қучоғига олган «Кўкалдош» Тошкент ислом ўрта махсус билим юртининг олдидаги вазифалари аниқ ва равшан. Яъни, Ватанимиздаги барча ўқув муассасалари қатори иймон-эътиқоди  бутун, иродаси бақувват, аждодларимизнинг нодир маънавий меросларини чуқур ўрганган ва замонавий тафаккурга эга комил инсонлар тарбиялаш, халқимизнинг ихлосидан ҳамда маънавий жабҳада бўшлик пайдо бўлганидан фойдаланиб, ислом ниқоби остида ўзларининг ғаразли  мақсадларини амалга оширишга уринаётган кимсаларга қарши ўлароқ ҳамюртларимизнинг диний саводхонлигини ошириш ва шу йўлда хизмат қилувчи замонавий етук уламолар тайёрлашдир.муҳим вазифаларимиздан яна бири - бу  кўҳна бинода замон талабларига жавоб берадиган энг яхши ўқув жиҳозлари билан жиҳозланган, янги типдаги ислом билим юртини барпо қилишни поёнига етказиш. Бу вазифани амалга оширишда билим юртининг фидойи мураббийлари, мударрислари ва барча жамоа бор имкониятларини ишга солиб тинмай ҳаракат қилмоқдалар ва доимо ижодий изланишдадирлар.

Муассис: Ўзбекистон мусулмонлари идораси. Манзили: Тошкент шаҳар, Зарқайнар 103. Телефон: 40 39 33,  40 17 98.
Фаолият бошлаган йили: 1999 йил 10 октябрдан эътиборан Ўзбекистон Республикаси Вазирлар маҳкамаси ҳузуридаги Дин ишлар бўйича қўмитанинг № 12-сонли рухсатномаси асосида фаолият бошлаган.
Гувоҳнома: Ўзбекистон Республикаси Адлия вазирлиги томонидан 1999 йил 18 августда №17 рақамли Гувоҳнома билан рўйхатга олинган.
Махсус рухсатнома: 2004 йилда қайта рўйхатдан ўтказилиб, Вазирлар Маҳкамаси ҳузуридаги Дин ишлар бўйича қўмита томонидан 2004 йил 24 октябрда № 0000002 сонли  махсус рухсатнома олиб, шу асосида фаолиятини давом эттирмоқда.
Билим юрти 200 ўринли.
Мутахассислик: Диншунослик, араб тили ва одобнома мураббийси.
Манзили: Тошкент 700021, Шайхонтоҳур тумани, Навоий кўчаси, 46-уй.