Ҳусайннинг отаси Ғиёсиддин Мансур 1445 йилда вафот этгач, Ҳусайн 14 ёшигача мактабда таълим олади ва шу мактабда ёш Алишер билан дўстлашади. Тарихий манбалардан шу нарса муьлумки, Султон Ҳусайн Бойқаро Темурий шаҳзодалар орасида жасоратли, мард, одил ва тадбиркор салтанат соҳиби бўлган.

Султон Ҳусайн Амир Темурнинг эвараси бўлиб, 1438 йил июль (ҳижрий 842 йил, муҳаррам) ойида Хиротнинг шарқи-шимолидаги Давлатхона саройида дунёга келган. Унинг отаси Ғиёсиддин Мансур Бойқоро Мирзонинг учинчи ўғли эди. Бойқоро Мирзонинг отаси эса Амир Темурнинг иккинчи ўғли Умар Шайх (1356-1394), онаси Феруза бегим эса ота томонидан Амир Темурнинг катта қизи Ўги Беги хонимнинг ўғли Султон Ҳусайн Мирзонинг қизи бўлиб, Феруза бегимнинг онаси Қутлуғ Султон бегим эса Амир Темурнинг учинчи ўғли Мироншоҳ Мирзонинг (1366-1408) қизи эди. Дарҳақиқат, Ҳусайн Бойқоро Заҳириддин Муҳаммад Бобур таърифлаганидек, "Карим ут-тарафайн", яъни ҳар икки томондан ҳам насаби Амир Темур Кўрагонга бориб туташади.

1452 йилда ёш Ҳусайн Хирот ҳукмдори Абулқосим Бобур саройига хизматга киради. 1457 йили Абулқосим Бобур вафотидан сўнг, Ҳусайн Мирзо саройни тарк этиб, Марв ҳукмдори Санжар Мирзо Марвий саройига хизматга ўтгач, ҳукмдор ўз қизи - 15 ёшли Бека Султонни унга никоҳлаб беради. Бироқ, қайната билан куёв ўртасига совуқчилик тушиб, саройдан кетишга мажбур бўлади. Шундан сўнг Ҳусайн Мирзо ўн йилдан кўпроқ вақт давомида Хоразм, Хуросон, Астробод, Мозандарон ва Журжон оралиғида саргардонликда умр кечирди. Бу давр мобайнида Темурий шаҳзодаларнинг тожу-тахт учун олиб борган ўзаро урушларида Ҳусайн Мирзо ҳам фаол катнашиб, Хирот ҳукмдори Султон Абусаййид Мирзо (1424-1469) ҳалокатидан сўнг, 1469 йил 24 март, жума куни Ҳусайн Мирзо тантана билан Хиротга кириб келди ва ўша куни Жомеъ масжидида унинг номига хутба ўкилди.

Ҳусайн Бойқаро Темурий ҳукмронлик қилган даврда Хуросон фуқаролари бирмунча осойишта ва фаровон ҳаёт кечирган. Айниқса, унинг вазири Алишер Навоийнинг саъй-ҳаракатлари натижаси ўлароқ, мамлакатда йирик сув иншоотлари, маъмурий ва маданий қурилишлар, Мадраса, масжид, карвонсарой, работлар, кўприклар ва шу каби қурилиш ишлари кенг кўламда олиб борилган. Шу боис Султон Ҳусайн Бойқоронинг ҳукмронлик даврида Хирот фан ва маданият марказига айланган эди. Бу даврда илму фаннинг барча жабҳаларида қалам тебратган билимдон олимлар, сўз усталари, адиблар, шоирлар, мусиқашунослар, ҳунарманд наққошлар ва мусаввирлар Хиротнинг довруғини жаҳонга машҳур қилганлар.

Султон Ҳусайн Бойқоро Хуросон музофотида, айниқса, Хиротда диний ва маданий-маиший биноларни кўплаб қурдирди. Бу қурилишларнинг асосий мутасаддийси сифатида Алишер Навоийни кўрсатиш жоиздир. Шунингдек, шаҳаншоҳнинг яқин кишилари ҳамда бек ва амирлари ўз номларини абадийлаштириш мақсадида масжид, Мадраса, работ, кўприк, ҳаммом ва шунга ўхшаш қурилишлар билан шаҳар кўркини янада жилолантирганлар. Чунончи, Султон Ҳусайн Бойқаро Гозургоҳ яқинида ўз номига Мадраса, Хирот ташқарисида "БOҒИ байт ул-имон" ва " БOҒИ Ҳамса оройи" боғларини барпо этган. Султон Бадиуззамон Мирзо номи билан аталувчи "Мадрасайи Бадиъа" ҳам Султон Ҳусайн Бойқоро даврининг улкан обидаларидан биридир. Бу даврда таъмирланган Жомеъ масжиди улкан бинолардан бўлиб, 403 гумбази, 130 равоқи ва 44 устуни бўлган.

Шунингдек, Алишер Навоий ҳам ўз ҳисобидан бир неча мада¬ний-маиший бинолар, чунончи "Сафоия" номли ҳаммом ва "Шифоия" номли касалхона қурдирган.

Тарихчи Хондамирнинг ёзишича, Хуросонда қирққа яқин йи¬рик иншоотлар Султон Ҳусайн Бойқоро даврида вужудга келган ва Хиротга атроф-теваракдан олимлар, шоирлар, адиблар, рассомлар, хаттотлар, мусиқачилар ва бошқа ҳар хил ҳунар аҳллари кириб кела бошлаган. Жумладан, ўша даврда табиб Ҳусайн Жарроҳ ичакни кесиб даволашда чумолидан фойдаланиш усулини ихтиро қилган. Устод Саййид Аҳмад ғижжак, Устод Шодқули ғижжак, Устод Қул Муҳаммад удий, Устод Ҳусайн удий, Устод Шайх Фоний ноилар Хуросонда ном чиқарган етук мусиқашунос алломалардан бўлган. Наққошлик ва хаттотлик соҳасида Хожа Мирак наққош, Мавлоно Хожа Муҳаммад наққош ва буюк истеъдод соҳиби Устод Камолиддин Беҳзодлар ўз маҳоратлари билан Хуросон фахри ҳисобланган.

Заҳириддин Муҳаммад Бобур Ҳусайн Бойқоро замонидаги олим¬лар, фозил ва шоирлар ҳақида гапириб, уларнинг ҳаммасини саромади Мавлоно Абдураҳмон Жомий, шунингдек, Шайхим Судайлий, Ҳусайн Али Туфайлий, Осафий, Биноий, Сайфи Бухорий, Мир Ҳусайн Муаммоий, Мулло Муҳаммад Бадахший, Юсуф Бадиий, Охий, Шоҳ Ҳусайн Коший, Хилолий Аҳлий, Муҳаммад Солиҳ ва бошқалар ҳакида қисқача тўҳталиб ўтади.

Алишер Навоийнинг таъкидлашича эса Ҳусайн Бойқоро қадимги турк тилининг тақдирига бефарқ бўлмай, унинг ривожи учун қатор чора-тадбирларни амалга оширган. Ўша давр адабий муҳитининг баъзи бир "муътабар" намояндалари назарида турк тили таҳқирланиб, мазкур тилда ижод этиш, ижодкорнинг истеъдодсизлигини билдирувчи нуқсонлардан бири деб ҳисобланган. Бинобарин, араб ва форс тилларига эътибор берилиб, турк тили камситилган. Ана шундай шароитда Ҳусайн Бойк,аро ёзувда турк тилини истеъмолга киритиш борасида махсус фармон берган. Бу дадил қадам мамлакатнинг сиёсий, ижтимоий ва маданий ҳаётида катта воқеа бўлгани шубҳасиз.

Ҳусайн Бойқоро форс ва туркий тилларида ғазал битиш иқтидорига эга бўлса-да, асосан турк тилида "Ҳусайний" тахаллуси билан ижод этган. Унинг таъби назми ҳақида Алишер Навоий "Мажолис ун-нафоис" асарида шундай ёзади: "Ул хазратнинг ҳўб ашъори ва Mapғyб абёти бағоят кўпдур ва девон ҳам мураттаб бўлубтур".

Султон Ҳусайн Бойқаро Хуросон ҳудудини ички ва ташқи душмандан тозалагач, беғамликка, айшу-ишратга берилади. Ҳукмдорнинг сўнгги йиллари мамлакат ичида вужудга келган исёнларни бостириш билан ўтади. Бу исёнлар ўз ўғиллари тарафидан мулк талашиб, кўтарилган низо ва можаролардан иборат эди. Аммо шунга қарамай, у қўлидан келганича мамлакатда адолат ва осойишталикни, илм-маърифат ва маданиятни равнақ топтиришга ҳаракат қилган.

1506 йил баҳорида Султон Ҳусайн Бойқаро хасталигига қарамай Хуросон қўшинини йиғиб, Муҳаммад Шайбонийхонга қарши Мовароуннаҳр ҳудудига қараб йўл олади. Шаҳаншоҳ Бобо Илохий мавзеига етганда, аҳволи оғирлашиб, қўшинни тўҳтатишга қарор қилади. 1506 йил 5 май, душанба куни кечқурун салтанат соҳиби Абулғозий Султон Ҳусайн Мирзо Бойқоро сактайи қалб (апоплек¬сия) касали билан 69 ёшида оламдан ўтади.