Ватанимиз тарихи ўзбек давлатчилиги тараққиёти бир текисда ўтмаганлиги, унинг ривожида зафарли ва инқирозли даврлар бўлганидан гувохлик беради. Сохибқирон Амир Темур асос солган салтанат энг йирик ва қудратли давлат бўлганлиги жаҳонга маълум. У ўз ворисларига нафақат қудратли давлатни, шунингдек, салтанат қуриш ва давлатни бошқариш қонун-қоидалари баён этилган машхур тузукларни қолдирган эди. «... Фарзандларим ва авлодимдан бўлганларнинг ҳар бири,- деб ёзган эди у ўзининг тузукларида,- унга мувофиқ иш юритсин... Бу тузуклардан ўз салтанат ишларини бошқаришда қўлланма сифатида фойдалангайлар, токи мендан уларга етадиган давлат ва салтанат зарару таназзулдан омон бўлғай». Аммо унинг дастури ва васиятларига амал қилинмади. Тахт, ҳокимият илинжида авж олган ўзаро ва ички кураш, жангу жадаллар давлатни заифлаштириб, мамлакатни инқирозга ва парокандаликка олиб келди.

Бухоро хонлиги
XVI аср бошларида заифлашиб бораётган темурийлар салтанатига Дашти Қипчоқ томондан кўчманчи ўзбеклар давлати хукмдори Муҳаммад Шоҳбахт Шайбоний хужуми бошланди. Шайбонийхон 1500-1501 йилларда Самарқанд ва Бухорони, 1504 йилда Хисор вилоятини, 1504-1505 йилларда Урганчни, 1506-1507 йилларда Хуросон пойтахти Хирот ҳамда Балхни, шунингдек, Марв, Астробод ва Нишопур шаҳарларини забт этди. Тошкент, Фарғона, Сирдарё ва Хоразм ерлари Афғонистоннинг Қандаҳор, Заминдовур вилоятлари эгалланди ва Муҳаммад Шайбонийхонга қарам бўлиб қолди. Шайбонийхоннинг Хуросондалигидан фойдаланган қозоқ султонлари Мовароуннаҳрга бир неча марта бостириб кириб, уни талон-тарож қиладилар. 1506-1509 йилларда Шайбонийхон Хуросондан қайтиб келиб, қозоқ султонларига зарба беради ва Дашти Қипчоқ ичкарисига қувиб боради. Бу юришлар натижасида Сиғноқ, Ясси, Саврон шаҳарлари қайта қўлга киритилади. Шундай қилиб, Мовароуннаҳр ва Хуросон бирлаштирилди ва Шайбонийлар сулоласи хукмронлиги қарор топди. Муҳаммад Шайбонийхон «Имом уз-замон, халифат ур-рахмон» унвонини олиб ўз қўлида дунёвий ва диний ҳокимиятни бирлаштирди.
Шайбонийхон жанубда Эроннинг ички вилоятларига юриш қилади. Машҳад ва Тус шаҳарларини эгаллаб орқага қайтади. Эрон шоҳи Исмоил Сафовий катта кўшин билан етиб келади. Шайбонийхон Мовароуннаҳрдан ёрдамчи кўшинлар келишини кутмасдан жангга киришга мажбур бўлади. 1510 йилда Марв яқинида бўлган жангда Шайбонийхон қўшинлари енгилади, хоннинг ўзи ҳам ҳалок бўлади. Тахтга Шайбонийхоннинг амакиси, Мирзо Улуғбекнинг қизи Робия Султон бегимнинг ўғли Кўчкунчихон (1510-1530) чикди. Бироқ шайбоний султонлар, беклар жипслашиб Исмоилшоҳга қарши курашиш ўрнига Шайбонийхон тириклигидаёқ суюрғал сифатида тақсимлаб берилган вилоятлар ва ерларга эгалик қилиш билан ўралашиб қолдилар, улар ўртасида ўзаро келишмовчилик, зиддиятлар авж олди. Бундан фойдаланган Исмоилшоҳ тез орада Хуросон ва Хоразм ўлкаларини, Шимолий Афғонистонни босиб олди. Пойтахти Самарқанд бўлган Мовароуннахрда эса шайбонийлар хукмронлиги сақланиб қолди.
Мовароуннахрда 100 йилгача давом этган Шайбонийлар даврида ҳам тинчлик бўлмади, қирғинборот урушлар, ўзаро ички курашлар давом этди. 1512 йилдан бошлаб Бухоро вилояти ноиби бўлиб келган Убайдулло султон 1533 йилда Шайбонийлар давлатининг Олий хукмдори этиб кўтарилди. Убайдулла султон Самарканддаги Кўчкунчихон авлодлари каршилиги сабабли олий ҳокимиятни Бухорода туриб бошқаради ва Бухорони давлат пойтахти деб эълон қилади. Шайбоний Убайдуллахон (1533-1539) даврида Бухоронинг мавқеи ҳам сиёсий, ҳам иқтисодий жиҳатдан кучайди. Аммо тарқоқлик давом этарди, Мовароуннаҳр XVI аср ўрталарида ҳам мустақил ҳокимликлардан иборат эди. Бухорода Абдулазизхон, Самарқандда Абдулатифхон хукмдор эдилар.
Тарқоқликка барҳам бериш, мамлакатни бирлаштириш долзарб бўлиб турган бир пайтда Абдулла султон майдонга чиқди, уни катта мавқега эга бўлган жуйбар шайхлари қўллаб-қувватлади. Абдуллахон  Бухоро тахтини эгаллайди. Абдуллахон  (1557-1561 йилларда амакиси Пирмуҳаммад, 1561-1583 йилларда отаси Искандархон олий хукмдор деб эълон килинган бўлсада, амалда хукмдор Абдуллахон эди). 1557 йилда Бухорони давлат пойтахти, мамлакатнинг сиёсий-маъмурий марказига айлантиради. Шу боисдан давлатнинг ўзи ҳам Бухоро хонлиги деб аталадиган бўлди.
Абдуллахон  сиёсий узоқ йиллар уруш олиб бориб, 1573 йилда Фарғонани, 1574 йилда Шахрисабз, Қарши, Ҳисор вилоятларини, 1578 йилда Самарқандни, 1582 йилда Тошкент, Шохруҳия, Оҳангарон ва Сайрамни, 1583 йилда Балхни, 1584 йилда Бадахшонни, 1588 йилда Хиротни, 1595 йилда Хоразмни забт этиб, мамлакатни бирлаштириш ишини уддалади, Бухоро хонлигини кучли ва марказлашган давлатга айлантирди. Бироқ ички НИЗО, адоватни бартараф этолмади. Ғанимлар Абдуллахонга карши унинг ўғли Абдулмуминни қайрайди, Абдуллахон билан унинг ўғли Абдулмўмин ўртасида тахт масаласида келишмовчиликдан фойдаланган қозоқ хонларидан Таваккалхон Тошкент вилояти ерларига бостириб киради. Унга қарши сафарга отланган Абдуллахон Самарқандга етганда вафот этади. Абдуллахон  ўрнига тахтга кўтарилган Абдулмўмин 6 ойча хукмдор бўлди, у отасининг амирларидан бири-Абдулвосеъ томонидан отиб ўлдирилди. Тахтга чиққан сўнгги Шайбоний Пирмуҳаммад ҳам 1601 йилда Самарқандда Боқи Муҳаммад билан бўлган жангда ҳалок бўлди. Шайбонийлар сулоласи барҳам топди.

Шайбонилар Сулоласи (1500-1601)

Муҳаммад Шайбонихон -1500-1510
Кўчкунчихон -1510-1530
Абу Саидхон -1531-1533
Убайдуллахон -1533-1539
Абдуллахон I  -1539-1540
Абдулазизхон (Бухорода)  -1540-1550
Абдулатифхон (Самарқандда)  -1540-1551
Наврўз Аҳмадхон (Бароқхон)  -1551-1556
Пирмуҳаммадхон I  -1557-1561
Искандархон  -1561-1583
Абдуллахон II  -1583-1598
Абдулмўминхон  -1598-1599 (6 ой)
Пирмухаммадхон II  -1599-1601

1601 йилдан эътиборан Бухоро хонлигида ҳокимият аштархонийлар (Жонийлар) сулоласи кўлига ўтади. 150 йилча (1601-1753) хукмронлик қилган Аштархонийлар сулоласи даврида Бухоро хонлигида тинчлик, осойишталик бўлмади. Хонлик вилоятларида хукмронлик қилувчи амирлар ва бекларнинг ўзбошимчалиги, марказий ҳокимият амалдорлари ўртасидаги ўзаро келишмовчилик, ур-йиқит мамлакат тинкасини қуритиб борарди. Буни Аштархонийлар сулоласидан Бухоро тахтига кўтарилган ўнта хондан иккитасининг тахтдан ағдарилгани, тўрттасининг тахт устида ўлдирилгани ҳам яққол кўрсатади.

Аштархонийлар сулоласи (1601-1752)

Боқи Мухаммад
Вали Мухаммад
Имомкулихон
Нодир Муҳаммадхон
Абдулазизхон
Субҳонкулихон
Убайдуллахон
Абулфайзхон
Абдулмўмин (сохтахон)
Убайдулла султон (сохтахон)

Бухоро амирлиги
Бухоро давлатининг заифлашиб қолганлигидан фойдаланган Эрон шоҳи Нодиршоҳ ХVII асрнинг 30-40-йилларида Бухоро хонлигига юриш қилади. Нодиршоҳ Бухоро хонлигида катта мавқега эга бўлган манғит уруғидан чиққан оталиқ Муҳаммад Ҳакимбий билан шартнома тузади ва у Бухоро хонлигининг олий хукмдори деб тан олинади. Абулфайзхон амалда ҳокимиятдан четлатиб қўйилади, Ҳакимбий Бухоронинг тўла ваколатли ҳокими этиб тайшшанади. 1743 йилда Ҳакимбий, унинг ўғли Муҳаммад Раҳим Нодиршоҳ хизматига киради. Нодиршоҳ 1747 йилда вафот этгач, Муҳаммад Раҳим ҳокимиятни ўз қўлига олишга киришади.
Бухоро хонлигида катга нуфузга эга бўлган манғит қабиласининг вакили Муҳаммад Раҳим 1747 йилда Абулфайзхонни, сўнгра расман хон деб (сохта хон) эълон қилинган унинг ўғиллари Абдулмўмин ва Убайдулло султонларни ўлдириб, ҳокимиятни ўз кўлига олади. Муҳаммад Раҳим 1756 йилда тахтга ўтириб, ўзини Бухоро амири деб эълон қилади ва ҳокимиятни мустақил идора қилади, Манғитлар сулоласига асос солади. Шундан эътиборан Бухоро хонлиги Бухоро амирлиги деб атала бошланди. Амирликда ҳокимият 1920 йилгача Манғитлар сулоласи кўлида бўлди.
Муҳаммад Раҳим хукмронлигини беклик-вилоятлардаги бошқа қавмлардан бўлган ҳокимлар тан олмадилар. Амир манғитларга таяниб ҳокимиятни марказлаштиришга интилди. Барча қабилаларнинг хукмдорларини Бухорога йиғиб, улардан марказий ҳокимиятга бўйсунишни талаб қилди, акс ҳолда қатгиқ жазоланиши ҳақида огоҳлантирди. Вилоятлардаги кўпгина ҳокимлар, бебош амалдорлар ҳокимиятдан четлаштирилиб, ер-мулки тортаб олиниб бошқа жойларга кўчирилди. Улар ўрнига амир қабиладошларидан тайинланди. Муҳаммад Раҳим Бухоро минораси ёнидаги ўз қароргоҳини махсус қурдирган Аркка кўчирди. Ўзбошимча бекларни Аркка чақириб қаттақ жазолади. Тарқоқликни бартараф этиш мақсадида кўпгина бекликларга - Самарқанд, Жиззах, Ўратепа, Хисор, Бойсун, Шахрисабзга қарши қонли урушлар қилди, кўпгина вилоятлар вайрон бўлди. Муҳаммад Раҳим Нуротада истиқомат қилувчи бургут қабиласи қўзголонини бостириб, уларнинг харбий истеҳкомларини бузиб ташлаб, ўзларини Бухоро туманига кўчирди. Миёнқалъа қипчоқларига хужум қилиб, истеҳкомларини бузиб ташлайди, йўлбошчиларини қатл этиб, қолганларини кўчириб юборади.
Муҳаммад Раҳим вафотидан кейин ўзаро урушлар янада кучайди. Вилоят хукмдорлари манғитларнинг марказий ҳокимиятига қарши қўзғолонлар кўтарди.
Кенагас, юз, бахрин, бургут, сарой қабилаларининг қўзғолонлари, хокимиятга ўтирган Дониёлбийнинг уларни бостириш учун қилган урушлари минглаб одамларнинг ёстиғини қуритди. Дониёлбий қўшинлар харажати учун қўшимча солиқлар жорий этиб аҳоли норозилигини оширди. Бухоро хунармандлари ва тижорат ахди 1784 йилда қўзғолон кўтарди. Қўзголонни бостириш жараёнида минглаб одамлар қурбон бўлди.
Амир Маъсум («бегуноҳ амир») деб ном олган Шоҳмурод (1785-1800 йиллар) тарқоқликка қарши курашни давом эттирди. Амир Шоҳмурод бошқарув тартибини ўзгартириш, амалдорлар таркибини янгилаш чораларини кўрди. Амир икки йирик давлат арбоби - Давлат қушбеги билан Низомиддин қозикалонни сарой, кўшин ва бошқа соҳадаги амалдорлар ҳузурида ўз кўли билан ўлдирди. Солиқларни тартибга солди. Бухоро аҳолисига тархан ёрлиғини топширди. Унга биноан аҳоли савдо даромадидан бож тўлашдан, хунармандлар пул йиғимидан, мажбурий меҳнат ва солиқлардан озод этилди. Шунингдек, хирож, никоҳ пули, тарози ҳақи ва бошқа йиғимлар микдори камайтирилди.
Шоҳмурод даврида Бухоро амирлиги нисбатан мустаҳкамланган бўлсада, ўзаро урушлар тўхтамади. Ғарбий чегараларда эса Хива хони кўшинлари хужумга ўтар, экинзор ва боғлар пайҳон қилинар, қишлоқлар вайрон бўлар, одамлар ва чорва моллар ҳайдаб кетилар эди.

Хива хонлиги
Хоразм XV аср охири - XVI аср бошида темурий Султон Хусайн Бойқаро бопшиқ давлагнинг бир қисми эди. 1505 йилда Муҳаммад Шайбонийхон кўшинлари Хоразмни эгаллади ва қўнғирот уруғидан Кепакбий Хоразмга ҳоким этиб тайинланади. Эрон шохи Исмоил билан жангда Муҳаммад Шайбонийхон ҳалок бўлгандан кейин Хоразм Исмоилшоҳ томонидан забт этилади. Исмоилшоҳ Хоразмни ўз давлати тасарруфига киритгач, Вазир, Урганч ва Хива шаҳарларини бошқариш учун 3 та доруға (ҳоким) тайинланади.
Хоразмда Исмоилшоҳ хукмронлиги узоққа бормади. Хоразмда Исмоилшоҳ хукмронлигига қарши ҳаракат бошланди. Бу ҳаракатга Вазир шахри қозиси Умар қори ва Сайид Хисамиддин етакчилик қилди. Улар Шайбон авлодидан бўлган Берка султоннинг ўғли Элбарсхонга мурожаат қилиб, хон бўлишни таклиф қилдилар. Элбарсхон 1511 йилда қўшин билан келиб Вазир, Урганч, Хива, Хазораспни Исмоилшоҳ қўшинларидан тозалади, Хоразмда Элбарсхон ҳокимияти ўрнатилди. Шундай қилиб, 1511 йилда мустақил Хива хонлиги ташкил топди, Элбарсхон унинг биринчи хони бўлди. Хивада шайбонийлар сулоласи хукмронлиги 1770 йилгача давом этди. Хива хонлиги пойтахти Урганч эди. XVI аср охири - ХVII аср бошларида Амударё ўзанининг ўзгариши муносабати билан Урганчнинг мавқеи пасайди, аҳолиси қулайроқ жойга кўчиб бориб жойлашади ва бу ерда Янги Урганч шахри пайдо бўлади. Бу орада Хива шахрининг мавқеи кўтарилади. 1556 йилда Аванешхон Хивани давлат пойтахти деб эълон қилади, бироқ у ўз хукмронлигини фақат Хивадагина ўтказа олар эди. Араб Муҳаммадхон (1602-1623) даврида Хиванинг мавқеи кучайиб, хонликнинг расмий пойтахтига айланди. Хива хонлиги тасарруфига Амударё қуйи оқимидаги воҳалар, Манғишлоқ, Дахистон (Машҳад) ва Ўзбой атрофидаги кўчманчи туркман худудлари кирарди. Бироқ, хонликда тинчлик бўлмади. Узоқ йиллар давомида хонлик тепасида турган ўзбек қабилалари билан туркман қабилалари ўртасида, шунингдек, шахзодалар ўртасида тинимсиз урушлар бўлиб турди. Хива ва Бухоро хукмдорлари ўртасида Мурғоб дарёси бўйлари учун, Марв учун қирғинборот урушлар бўлиб турар, бу худудлар кўлдан-кўлга ўтарди. Хонликка шимолдан қалмоқлар, қозоқлар, Урал казаклари тез-тез хужум қилиб фалокатлар келтирарди. ХVII аср ўрталарида Эрон шоҳи Нодиршоҳ, унинг ўғли Насрулло Хива хонлигини босиб олиб, ўз бошқарувини ўрнатди, туркман қабилаларини Хоразмдан Хуросонга кўчирди. Бироқ Хива хонлигида тинчлик бўлмади. Эрон хукмдорларига қарши тез-тез ғалаёнлар бўлар, аҳоли боши оққан томонга кетарди. Шундай вазиятда хонликдаги ўзбек қабилаларидан Кўнғирот уруғининг бопшиғи Муҳаммад Амин иноқ 1770 йилда ҳокимиятни қўлга олди ва Хива хонлигида янги сулола - Қўнғирот сулоласига асос солди (бу сулола 1920 йилгача хукм сурди).. Муҳаммад Амин Иноқ туркманлар қўзголонини бостирди, Бухоро хукмдорининг хужумини даф этди ва Хива хонлигидаги вилоят ҳокимларини марказий ҳокимиятга бўйсундирди.

Қўқон хонлиги
Бухоро хонлигидаги ички курашлар, марказий ҳокимиятнинг заифлашуви сабабли, у ХVII аср бошларида иккига бўлиниб кетди. Аштархонийлар хукмронлигининг заифлашуви оқибатида Фарғона водийсига унинг шимолида ташкил топган Жунгарлар давлати тез-тез бостириб кирадиган, талон-тарож қиладиган бўлиб қолди. Бундай вазият Фарғонадаги ички кучларнинг бирлашувига, мустақил давлат тузишга интилишини кучайтирди. Фарғона водийсининг худудий яхлитлиги ва иқтисодий имкониятлари, унинг Бухоро хонлигидан ажралиб чиқишга қулай омил бўлиб хизмат қилди.
Чуст яқинидаги Чодак қишлогида яшовчи хўжалар жамоаси (дин пешволари)нинг мавқеи ХVIII аср бошларидаёқ Фарғонада анча кучайиб, 1709 йилда ўз ер-мулкларини мустақил деб эълон қилади ва водийда ҳокимиятни қўлга олишга интиладилар. Бироқ уларнинг ҳокимияти бошқа қабилалар томонидан тан олинмади. Бир гуруҳ ҳарбий зодагонлар Риштонда қўзғолон кўтариб, Фарғона ҳокими Хўжа Аширқулни ўлдирадилар.
1710 йилда Қўқон атрофида яшаб турган ўзбек қабилаларидан бири - минглар ўз етакчиси Шохрухбийни ҳокимият тепасига кўтарадилар. Шу тариқа, Қўқон хонлиги ташкил топди, ўзаро ички курашлар ботқогига ботиб қолган Бухоро хони Убайдуллахон ўзига қарашлли худуднинг ажралиб чиқиб, алоҳида давлат тузишига қаршилик кўрсатолмади. Қўқон хонлигида минг қабиласи сулолалари 1876 йилгача хукмронлик қилди. Кўқон шаҳри четида жойлашган Тепақўргон Қўқон хони Шохруҳбийнинг қароргоҳига айлантирилди. Тепақўрғонда мустаҳкам қалъа, бозор ва аҳоли яшайдиган маҳаллалар қурилди.
Қўқон хонлари Фарғона водийсини, Хўжанд, Ўратепани бирлаштиргач, Кўқон хонлигининг мустақиллиги ХVIII аср ўрталарида Бухоро давлати томонидан тан олинди. ХVIII аср охирларида Қўқон хонлари Тошкентни бўйсундиришга киришдилар.
1784 йилда Шайхонтохур даҳаси собиқ ҳокимининг ўғли Юнусхўжа Тошкентни Бухоро тобелигидан чиқариб, мустақил сиёсат юритарди. Тошкент беклиги ўзига хос бошқарув тизимига эга эди. Юнусхўжанинг тўрт маслаҳатчиси бўлган. Тошкент шаҳар назорати ва солиқ йиғиш Бошхўжанинг қўлида бўлиб, савдо-сотиқни қози ва девонбеги назорат қилишган. Шариат қонун-қоидалари, нарх-наво, ўлчовлар устидан Раис лавозимидаги амалдор назорат қижан. Юнусхўжа ХVIII аср охирларида қозоқ султонлари хужумларини бартараф этиб, Сайрам, Чимкент, Туркистон, Қурама, Қорабулоқ шаҳарларини Тошкентга бўйсундирган эди. Тошкент беклиги мавқеининг ошиб бориши Қўқон хонларига ёқмади. 1799 йилда Қўқон хукмдори Норбўтабий Тошкента юриш қилди, аммо Чирчиқ бўйидаги жангда мағлубиятга учради.
1805 йилда Қўқон ҳукмдори Олимбек хон унвонини қабул қилади ва шу пайтдан эътиборан Фарғонада ташкил топган давлат расман Қўқон хонлиги деб атала бошланди. Юнусхўжа вафотидан кейин Қўқон хони Олимхон кўшинлари юриш қилиб, 1809 йилда Тошкентни ва унга қарашли Чимкент, Сайрам ва бошқа худудларни Қўқон хонлигига бўисундиради. Кўқон хонлиги худудий жиҳатдан йирик давлатга айланди.
Шундай қилиб, асрлар давомида ягона худудда, ягона иқтисодий ва маданий маконда яшаб келган халқ, мамлакат уч қисмга бўлиниб кетди. Учта давлат - Бухоро амирлиги, Хива ва Кўқон хонликлари вужудга келди.