XIII асрнинг бошларига келиб (1206-1215) Мўғулистонда Чингизхон ҳукмронлигида кўчманчи мўғулларнинг улкан давлати пайдо бўлди. Бу даврда Ўрта Осиё ҳудудларида хоразмшоҳлар давлати мавжуд бўлиб, ўзаро урушлар ва бошбошдоқлик оқибатида бу қудратли салтанат инқирозга юз тута бошлаган давр эди. Чингизхон билан Муҳаммад Хоразмшоҳ ўртасида қисқа муддат (1215-1218) элчилик муносабатлари давом этган бўлишига қарамай бу муносабатлар охир-оқибат фожиали тугади. Ҳарбий жиҳатдан пухта тайёргарлик кўрган мўғул қўшинлари хоразмшоҳлар давлатидаги иқтисодий, сиёсий ва ижтимоий тушкунлик вазиятидан фойдаланиб, қисқа муддатда (1218-1221) Ўрта Осиё ерларини босиб оладилар.
Асрлар давомида моддий ва маънавий маданияти ривожланиб келган Ўрта Осиёда-ги кўпгина шаҳарлар- Бухоро, Самарқанд, Хўжанд, Термиз, Ўтрор, Ўзган, Урганч, Кеш кабилар вайронага айлантирилди. Деҳқончилик воҳалари харобазорга айланди. Мўғул босқинчлари маҳаллий аҳолига ҳамда уларнинг маданиятига ҳеч бир шафқат қилмадилар. Араб тарихчиси Ибн ал-Асир (1160-1214) Ўрта Осиёдаги мўғул босқини ҳақида шундай ёзади: «...Хитой чегараларидан бир халқ чиқиб, Туркистондаги Қашғар ва Баласоғун каби вилоятларни, Мовароуннаҳрдаги Самарқанд, Бухоро ва бошқа шаҳарларни... вайрон этиб, қирғин қилиб, талон-торож қилиб эгаллади. Та-тарлар (мўғуллар) ҳеч қайси шаҳарни омон қолдирмадилар, кетаётиб вайрон этди-лар. Улар ниманики ёнидан ўтган бўлсалар, ўзларига ёқмаган нарсаларга ўт қўйдилар».
Ўрта Осиё халқлари мўғул босқинчларига қарши қаҳрамонона кураш олиб борди. Хусусан, Ўтрор ҳокими Иналхон, Бухоро мудофаачилари Ихтиёриддин Қушлу, Ҳамид Пура Қорахитой, Суюнчихон, Хўжанд ҳокими Темур Малик, Урганч шайхи Нажмиддин Кубро, шаҳзода Жалолиддин кабилар Ватан мустақиллиги ва озодлиги учун қон тўкиб курашдилар. Аммо улар она-юрт озодлигини сақлаб қолиша олмади. Мўғуллар истилоси оқибатида Мовароуннаҳр ва Хуросоннинг обод вилоятлари, шаҳарлари харобазорга айлантирилди.
Зарафшон, Марв, Хоразм воҳаларида суғориш тармоқлари бузиб ташланиши нати-жасида ям-яшил далалар, боғ-роғлар харобазорга айланди. Бу даврда илм-фан ва маърифатга етказилган жароҳат ҳам оз бўлмади.
Босқинчилар тўс-тўполони вақтида Бухорода, Самарқандда, Урганчда бир нечта кутубхоналар ёниб кетди. Мисол учун Бухорода «Масъудия» мадрасаси ва катта кутубхона ёниб кетди. Фақат XIII асрнинг 70-80- йилларига келиб Ўрта Осиёда аста-секинлик билан бўлсада, шаҳар ҳаёти, ҳунармандчилик жонлана бошланди. Мўғул босқини даврида инқирозга юз тутган фан-адабиёт, маърифат ва маданиятнинг айрим тармоқлари ҳам тиклана бошлайди. XIII асрда Бухорода «Масъудия» ва «Хония» мадрасалари қурилди. Жалолиддин Румий, Саъдий Шерозий, Амир Хусрав Деҳлавий кабилар адабиёт соҳасида ижод этдилар. Ундан ташқари Абу Умар Мирхожиддин Жусжонийнинг «Табақоти Носирий», Алоуддин Отамалик Жувайнийнинг «Тарихи жаҳон гушай» («Жаҳон фотиҳлари тарихи»), Фазлуллоҳ Рашидиддиннинг «Жоме ат-таворих» («Тарихлар тўплами») каби тарихий асарлари яратилади.