Аштархонийлар Жўжихон наслидан бўлиб, ХИВ асрнинг 80-йилларидан бошлаб Аштархон (Ҳожи Тархон, Астрахан) ва унинг атрофидаги ерлар ва халқлар устидан ҳукмронлик қилган. 1556- йилда Астраханни Русия босиб олгач, аштархонийлардан Ёрмуҳаммадхон оила аъзолари ва қариндош-уруғи билан Бухорога келади. Уларни Бухоро хони Искандархон (Абдуллахон ИИ нинг отаси) иззат-икром билан кутиб олади. Искандархон қизи Зуҳрабегжмни Ёрмуҳаммадхоннинг ўғли Жонибек Султонга беради. Жонибек Султон Зуҳрабегимдан уч ўғил; (Динмуҳаммад,Боқи Муҳаммад, Вали Муҳаммад) кўради. Жонибек Султон ва унинг ўғиллари Бухоро хонлигида юксак мавқега эришиб, Бухоро хонлиги вилоятларида ҳоким вазифасида фаолият юритадилар.
1601- йилда Жонибек Султоннинг ўғли Боқи Муҳаммад Бухоро ; тахтига ўтқазилди. Бухоро хонлиги тарихида янги сулола - аштархонийлар сулоласи ҳукмронлиги бошланиб, 175 йил давомида мамлакат шу сулола томонидан бошқарилади.

Бошқарув ҳокимиятини мустаҳкамлаш учун кураш
Боқи Муҳаммад (1601 - 1605) мамлакат сарҳадлари жипслигини мустаҳкамлаш, бошқарув тизимини изга солиш учун кўп уринди. 1602- йилда Эрон сафавийларига зарба бериб, Балхни куч билан бўйсундирди ва укаси Вали Муҳаммадни ҳоким этиб тайинлади. 1603- йилда Эрон сафавийларининг Балхга ҳужум қилган қўшинларини мағлубиятга учратди. Боқи Муҳаммад Тошкент учун қозоқ султонларига қарши курашди 1604- йилда қозоқ хони Келимуҳаммад қўшинларини мамлакат ҳудудидан ҳайдаб чиқариб, қатор ҳудудларни Бухоро хонлигига бўйсундирди.
1605- йилда Боқи Муҳаммад вафот этгач, унинг укаси Вал| Муҳаммад тахтга ўтқазилди. Ички кураш яна авж олди. Қабилаи беклари хон ҳокимиятига бўйсунмай мухолифатчиликни кучайтирдилар. Бухоролик амирлар хонга қарши исён уюштирганлигидан хабар топган Вали Муҳаммад фарзандларини олиб Эронга қочади. Амирлар тахтга Боқи Муҳаммадхоннинг ўғли Имомқулихонни (1611-1642) ўтқаздилар. У Вали Муҳаммад бошлаб келган Эрон қўшинларини тор-мор келтириб, мамлакат мустақиллигини сақлаб қолди. Вали Муҳаммад асир олиниб қатл этилди.
Имомқулихон Тошкент ва хонликнинг шимоли-шарқий чегаралари учун қозоқлар, жунғар (айрат) лар, қалмоқлар, қорақалпоқларга қарши муваффақиятли кураш олиб борди. 1613- йилда Тошкент ерларини эгаллаган қозоқларга ҳужум қилиб, Тошкентни ўз тасарруфига киритди. ўғли Искандар Султонни Тошкент ҳокими этиб тайинлади. Искандар Султон аҳолига бож, хирож ва бошқа солиқларни кўпайтириб, қаттиқ зулм ўтказди. Бунга қарши Тошкентда қўзғолон кўтарилди ва Искандар Султон ўлдирилди. Бу воқеадан хабар топган Имомқулихон Тошкент устига қўшин тортди. Қўзғолончилар аёвсиз жазоланди, Искандар хуни учун аҳоли қирғин қилинди.
Имомқулихон даврида марказий давлат ҳокимияти нисбатан мустаҳкамланди. Имомқулихондан кейин тахтни эгаллаган Нодир Муҳаммад (1642-1645) даврида ижтимоий-сиёсий тарқоқлик яна кучайди. Хоннинг ўзи мамлакатнинг асосий вилоятларини мулк қилиб 12 нафар ўғли, 2 нафар жияни ва набирасига тақсимлаб берди. Бу оқибатда давлатчилик асосларини заифлаштирди. 1645- йилда қозоқлар яна Мовароуннаҳрга юриш қилиб, Хўжандгача етиб келадилар. Нодир Муҳаммад уларни қувиб чиқариш учун ўғли Абдулазиз бошчилигида катта қўшинни сафарбар этади. Хондан норози бўлган бир гуруҳ амирлар юриш даврида Абдулазизни хон деб эълон қиладилар. Абдулазиз Бухорога келади, аслзодалар уни тахтга ўтқазадилар.
Нодир Муҳаммад Балхга қочиб кетади ва тож-у тахтни қайтариб олиш мақсадида Ҳиндистон подшоҳи темурийзода Шоҳ Жаҳондан ёрдам сўрайди. Шоҳ Жаҳон Балх вилоятини ўзига бўйсундириш мақсадида у ерга ўғиллари Муродбахш ва Аврангзеб бошчилигида катта қўшин юборади. Нодир Муҳаммад Шоҳ Жаҳон ўғиллари ёрдамга эмас, Балх вилоятини эгаллаш учун келаётганини билгач, унга қарши чиқади. Маймана йўлида бўлган жангда Нодир Муҳаммад енгилиб, Эронга қочади ва шоҳ Аббос ҳузурида паноҳ топади.
1647- йилда Шоҳ Жаҳон ўғиллари Балхни эгаллайдилар. Нодир Муҳаммад шоҳ Аббос ёрдамида Балхни қайта эгаллайди. Бу воқеалардан ташвишга тушган Абдулазизхон укаси Субҳонқули етакчилигида Балхга катта қўшин юборади ва 1651 йилда Субхонқули Балхни эгаллайди ва у Балх ҳокими этиб тайинланади. Нодир Муҳаммад Маккага ҳажга бораётиб йўлда вафот этади.
Абдулазизхон даврида (1645- 1681) Хива хонларининг талончилик юришлари кучаяди. 1655- йилда Хива хони Абдулғозихон катта қўшин билан юриш қилиб, Бухоро атрофларини икки бор талон-тарож қилади. Қоракў аҳолисининг бир қисмини асир олиб, Карманани вайронага айлантиради. 1658- йилда Вардонзени талаб, 1662- йилда Бухоро шаҳригача етиб боради.
Тинимсиз урушлар, ички зиддиятлар Бухоро хонлигининг ижтимоий-иқтисодий аҳволини мураккаблаштириб юборганди, сиёсий вазият издан чиққанди. Кексайиб қолган Абдулазизхон 1680- йилда тахтдан воз кечиб, Маккага ҳажга кетади ва у ерда вафот этади.
Абдулазизхондан кейин тахтга ўтирган Субҳонқулихон (1681- 1702) даврида ҳам аҳвол ўнгланмади. Субҳонқулихон, бир томондан, Балх вилоятларида ҳокимлик қилаётган ўғилларига қарши, иккинчи томондан, Мовароуннаҳр вилоятларидаги амир ва беклаига қарши урушлар қилишга мажбурбўлди. Учинчи томондан, Хива хони Анушахон қўшинлари ҳужум қилиб, Бухоро, Кармана ва Вардонзени эгаллади, ҳатто Самарқандни ҳам ишғол қилди. Самарқандда Анушахон номига хутба ўқитилиб, унинг номидан танга пуллар зарб этилади.
Субҳонқулихон қатағон уруғидан бўлмиш Бадахшон ҳокими Маҳмудбий оталиқ ёрдамида Хива қўшинларини Самарқанддан қувиб чиқаришга эришди. Самарқандликлар қаттиқ жазоланди. Сўнгра Балхга юриш қилиб, исёнкор ўғли Сиддиқ Муҳаммадга зарба беради ва зиндонбанд қилиб, ўлдиради.Бажх ҳокимлиги юз қабиласининг сардори Муҳаммад ҳожи оталиққа топширилади. Субҳонқулихон Бажхдалигидан фойдаланган Анушахон Бухоро атрофларига яна бостириб келиб у ерларни талон-тарож қилади ва катта ўлжалар билан қайтиб кетади. Субҳонқулихон фитнаси билан 1686- йилда Хива хони Анушахон кўзига мил тортилади ва тахтдан туширилади. Субҳонқулихон 1688- йилда Хивадаги тарафдорлари хизматидан фойдаланиб, Хива хони Эренгхоннинг ўлдирилишига эришади ва Хоразм Бухоро хонлиги тасарруфига олинади. Субҳонқулихон Амир Шоҳниёзни Хивага ҳоким этиб тайинлайди.
Қирғинбарот урушлар, ички низолар мамлакат иқтисодиётини чуқур таназзулга туширади.
• 1601- йилда Бухоро хонлигида аштархонийлар сулоласи ҳукмронлиги ўрнатилди.
• Аштархонийлар сулоласи ҳукмронлиги Бухоро хонлигида 150 йилча давом этди.