Шайбонийхон ҳалок бўлгач, унинг ўрнига амакиси Кўчкинчихон тахтга ўтирди. Кўчкинчихондан сўнг тахтга ўғли Абу Саид (1530-1533) ўтииди. Ундан кейин эса ҳукмдорлик Шайбонийхоннинг укаси Маҳмуд Султоннинг ўғли Убайдуллахон (1533-1540) қўлига ўтди. Убайдуллахон пойтахтни Самарқанддан Бухорога кўчиртирди. Убайдуллахон Бухорога отамерос мулк деб қарар эди, чунки Шайбонийхон ҳаётлигидаёқ Бухоро ҳокимлигини укаси Маҳмуд Султон Убайдуллахоннинг отасига беиган эди. Шу тариқа, шайбонийларнинг Мовароуннаҳрда ташкил этган давлати эндиликда расмий равишда Бухоро хонлиги деб аталадиган бўлди.
Убайдуллахоннинг тарихимиздаги хизматлари катта. Аввало, у Исмоил Сафавий ва қизилбошларнинг ҳужумларини бартараф этиб, Мовароуннаҳрни уларнинг ҳарбий-сиёсий тазйиқларидан сақлаб қолди. Убайдуллахон ҳукмронлиги даврида Бухоронинг марказ сифатидаги нуфтизи ҳар томонлама ўсди.
Убайдуллахон ўз давлатининг чегарасини Шайбонийхон давридаги сарҳадларда қайта тиклашга ҳаракат қилди. У Ҳиротни ишғол этган, қизилбошларни бир неча марта мағлубиятга учратган эди. Айни пайтда у мамлакат ичкарисидаги ўзаро кураш ва тарқоқликка барҳам берди.
Убайдуллахон вафот этгач, ички зиддиятлар яна кучайди. Ҳокимият учун қаттиқ курашлар бошланди. Шайбонийхон авлодларининг ҳар бирида 10-12 нафардан ўғил бўлиб, уларнинг ҳар бири тож-тахтга давогар эдилар. Уларнинг ҳар бири ўз отамероси бўлган ҳудудларда ўз қўшинига бош бўлиб, мустақилликка интилар, ўзини олий ҳукмдор деб ҳис этар ҳамда имкони бўлса, хонлик тахтини эгаллаш иштиёқида эдилар.
Убайдуллахондан сўнг шайбонийлар сулоласи вакиллари ўртасида ўзаро низолар авжига чиқди. Бунинг оқибатида Абдуллахон I нинг қисқа ҳукмронлиги (1540-1541) дан сўнг мамлакатда қўшҳокимиятчилик вужудга келди. Яъни бир давлатда икки ҳукмдор пайдо бўлди.
Бири - Убайдуллахоннинг ўғли Абдулазизхон Бухорода, иккинчиси - Кўчкинчихоннинг ўғли Абдулатифхон Самарқандда ҳукмдорлик қила бошладилар. Мамлакат бир неча мустақил ҳокимликларга бўлиниб кетди. Бироқ қачондир, кимдир бу ҳолатга чек қўйиши керак эди.

Бухоро Абдуллахон II ҳукмронлиги даврида
Мамлакатдаги парокандаликка чек қўйиш учун марказий ҳокимиятни яна тиклаш ва кучайтириш зарур эди. Бу заруриятни қонли умшларсиз амалга ошириб бўлмас эди. Ана шундай шароитда кураш майдонига Миёнқол ҳукмдори Шайбоний Искандар Султоннинг ўғли Абдуллахон II (1534-1598) чиқди.
Искандархон хонадонига Бухоро яқинидаги Жўйбор қишлоғида истиқомат қилувчи, ғоятда катта нуфузга эга бўлган шайх Муҳаммад Ислом (1493-1563)нинг ихлоси баланд бўлганлиги Абдуллахонга бу курашда жуда катта мадад бўлди. Муҳаммад Ислом ва унинг авлодлари ўзларининг келиб чиқишини ота томондан Муҳаммад пайғамбар авлодларига, она томондан эса ЧингизхонваЖўжига уларедилар.Аслзодалик ва тасаввуф тариқатидаги майқейига кўра, Жўйбор шайхлари сомонийлар давридан бошлабоқ давлат ишларида муҳим мансабларни эгаллаб келар эдилар. 16 асрнинг иккинчи ярмида Шайх Муҳаммад Ислом, кейинчалик унинг ўғли Шайх Абубакр Саъд Бухорода шайхулислом лавозимини эгаллаган эдилар.
1556- йили Муҳаммад Исломнинг кўмагида Абдуллахон амалда Бухоро тахтини эгаллайди. Муҳаммад Ислом Оллоҳ номидан Абдуллахоннинг фаолиятига оқ фотиҳа берган эди. Абдуллахон II аввал амакиси, Балх ва Бадахшон ҳукмдори Пирмуҳаммадни (1557-1561), кейин отаси Искандархонни (1561-1583) хон деб эълон қилган бўлса-да, амалда мамлакат ҳукмдори Абдуллахон II нинг ўзи эди.
Абдуллахоннинг бутун ҳукмронлик даври тинимсиз урушларда кечди. Чунончи, 1574-йили Балхни, 1578- йили Самарқандни, 1583-йили Тошкент ва Фарғонани, 1584-йили Бадахшонни, 1595 йили Хоразмни забт этди ва ўз давлати таркибига қўшиб олди. Шундан кейин унинг давлати сарҳадлари жанубда Ҳиротдан Машҳадгача, шимолда Орол денгизигача, Каспий денгизидан Иссиқкўлгачаетди. Бутун Мовароуннаҳр, Хоразм ва Хуросон яна ягона ҳукмдор қўли остида бирлаштирилди. 16 аср охирларига келиб Бухоро хонлиги нисбатан марказлашган улкан давлатга айланди.
Шундай қилиб, 16 асрдаги давлатчилигимиз тарихида етакчи сулола - шайбонийлар сулоласи бўлди. Бу сулола ўзбек давлатчилиги ривожига маълум даражада ҳисса қўшди. Сулоланинг энг қудратли вакили Абдуллахон II даврида эса ўзбек давлатчилиги ўз тарихида яна бир бор юксак даражага кўтарила олди.

Шайбонийлар сулоласи ҳукмронлигининг барҳам топиши
Абдуллахон II мамлакатни бирлаштириш йўлида шайбоний султонларнинг марказий ҳокимиятни кучсизлантиришга уринишларига . қарши тинимсиз ва шафқатсиз кураш олиб борди. Бу мақсад йўлида қариндошларига ҳам шафқат қилмади. Абдуллахон II гарчанд давлатни марказлаштира олган бўлса-да, давлатдаги ички низоларга тўла барҳам бера олмади. Шундай қилиб, Абдуллахон II вафотидан атиги 3 йил ўтгач, бир аср давом этган шайбонийлар сулоласи ҳукмронлиги барҳам топди.
Шайбоний Абдуллахон II 1598- йил феврал ойида вафот этгач, тахтга унинг ўғли Абдулмўмин ўтқазилди. Бироқ ўша йили- 1598йил июл ойида Абдулмўмин фитначилар томонидан Ўратепа ва Зомин оралиғида ўлдирилди. Ундан қолган икки яшар ўғилнинг хонлик ҳуқуқини ҳеч ким тан олмади. Тахт учун кураш бошланди.
Бухоронинг бир гуруҳ амирлари Ибодулла Султоннинг ўғли Абдуламинни хон қилиб кўтардилар. Бошқа гуруҳ амирлар эса Балх ҳокими Абдуллахон II нинг жияни, Сулаймон Султоннинг ўғли Пирмуҳаммадни шайбонийларнинг олий хоқони деб эълон қиладилар ва Балхдан чақириб олиб, тахтга ўтқазадилар.
Ички низолар туфайли Бухоро хонлигида содир бўлган оғир вазиятдан фойдаланган Эрон ҳукмдори шоҳ Аббос бостириб кириб, Нишопур, Сабзавор, Машҳад, Ҳиротни эгаллайди. Хоразм эса хонлик тасарруфидан чиқиб, давлат мустақиллигини тиклаб олди. Айни пайтда қозоқ хони Таваккал Мовароуннаҳрга қўшин тортиб, Ахси, Андижон, Тошкент, Самарқандни эгаллаб, Бухоро томон юрди. Хуросондан Бухорога етиб келган Пирмуҳаммадхон Бухоро ҳимоясига киришди. Хонликнинг кўпгина амирлари ўз қўшинлари билан Пирмуҳаммадхонга қўшилди. Таваккал Бухорони 2 ой давомида қамал қилса-да, уни ололмай Самарқанд томон чекинди. Пирмуҳаммадхон қўшинлари уни таъқиб этиб, 1599-йил август ойи охирларида Миёнқолнинг Учқора мавзейига етиб олдилар ва шу ерда бўлган жангда Таваккал қўшинлари тор-мор келтирилди. Мовароуннаҳр ҳудуди озод этилди, қозоқ лашкарлари Дашти Қипчоққа чекинди. Пирмуҳаммадхон Самарқанд ҳокими этиб Боқи Муҳаммадни, Тошкент ҳокими этиб Жаҳонгир Султонни тайинлайди.
Пирмуҳаммад Бухоро хонлигини яна икки йилча идора қилди. Тез орада Жалоир, Дўрмон қабила бошлиқларининг иғвоси билан Пирмуҳаммадхон билан Боқи Муҳаммад ўртасидаги муносабатлар бузилди. Охир-оқибатда Пирмуҳаммадхон билан Боқи Муҳаммад ўртасида 1601- йилда Самарқанд яқинидаги Боғи Шамол мавзейида жанг бўлади. Жангда Пирмуҳаммадхон енгилади ва 80 ёшида қатл этилади.
• Убайдуллахон даврида давлат Бухоро хонлиги деб атала бошланди.
• Абдуллахон ИИ давлатчилигимиз тарихида йирик марказлашган давлат барпо этди.
• Шайбонийлар сулоласи ҳукмронлиги бир аср давом этди.